Imaginez un monde où une infection bactérienne contractée lors d'une intervention chirurgicale de routine deviendrait impossible à traiter. Où une pneumonie — guérissable aujourd'hui en quelques jours d'antibiotiques — redeviendrait une sentence de mort. Ce n'est pas de la science-fiction : c'est le scénario vers lequel nous nous dirigeons si nous ne prenons pas sérieusement en charge la résistance aux antimicrobiens (RAM, en anglais Antimicrobial Resistance, AMR).

Qu'est-ce que la RAM ?

La RAM se produit lorsque des bactéries, des virus, des champignons ou des parasites s'adaptent aux médicaments conçus pour les combattre, les rendant inefficaces. C'est un processus naturel, mais les activités humaines l'ont considérablement accéléré : l'utilisation excessive et souvent abusive des antibiotiques en médecine, en médecine vétérinaire et en agriculture a créé des conditions idéales pour la sélection et la propagation de micro-organismes résistants. Fin 2025, selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), une infection bactérienne sur six confirmée en laboratoire est déjà résistante aux traitements standard.

Les chiffres d'une crise silencieuse

Les données sont sans équivoque. En 2021, 1,14 million de personnes sont mortes directement à cause de la RAM dans le monde, tandis que 4,71 millions de décès supplémentaires étaient associés à des infections par des germes résistants (GRAM Project / The Lancet, 2024). Les projections pour l'avenir sont encore plus alarmantes : entre 2025 et 2050, on estime à 39 millions le nombre de décès directement attribuables à la résistance bactérienne — soit l'équivalent de trois décès par minute pendant vingt-cinq ans.

En Europe seulement, la RAM est responsable de plus de 35 000 décès par an, avec un impact sur la santé publique comparable à celui de la grippe, de la tuberculose et du VIH/sida réunis (données ECDC). Le fardeau pèse de manière disproportionnée sur les populations les plus vulnérables : les personnes âgées, les patients immunodéprimés et les nouveau-nés. Entre 1990 et 2021, les décès liés à la RAM chez les adultes de plus de 70 ans ont augmenté de plus de 80 % — une tendance appelée à s'aggraver avec le vieillissement des populations mondiales.

Bien au-delà d'un problème de santé

La RAM a des conséquences profondes sur l'économie et l'organisation de la société. La Banque mondiale estime que, sans mesures efficaces, la résistance aux antimicrobiens pourrait éroder 3,8 % du PIB mondial chaque année d'ici 2050 et plonger 28 millions de personnes dans la pauvreté. Les coûts de santé supplémentaires pourraient atteindre 1 000 milliards de dollars par an à l'échelle mondiale.

Lorsque les médicaments cessent de fonctionner, les effets en cascade sont considérables : les hospitalisations se prolongent, les traitements contre le cancer et les greffes d'organes deviennent plus risqués, et les interventions chirurgicales courantes se transforment en procédures à haut risque. Selon l'OCDE, une infection bactérienne sur cinq dans les pays membres est déjà résistante au traitement antibiotique.

Une menace sans frontières : l'approche One Health

Les bactéries ne connaissent pas les frontières nationales. Les gènes de résistance circulent entre les humains, les animaux et l'environnement par le biais des chaînes alimentaires, des eaux usées, de l'élevage intensif et des voyages internationaux. C'est pourquoi la RAM ne peut pas être traitée uniquement dans un cadre clinique : elle nécessite une approche intégrée, connue sous le nom de One Health, qui coordonne la santé humaine, la santé animale et la protection de l'environnement.

Les infections résistantes acquises à l'hôpital sont particulièrement dangereuses : elles représentent un peu plus de 30 % de tous les cas résistants, mais sont responsables de plus de 60 % des décès liés à la RAM (données OCDE). Trois bactéries — Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Staphylococcus aureus — sont à l'origine de près des trois quarts de ces décès.

Un pipeline pharmaceutique en recul

La pénurie de nouveaux antibiotiques en développement aggrave encore le tableau. Au cours des cinq dernières années, le pipeline pharmaceutique dédié à la RAM s'est réduit de 35 % : selon un rapport 2026 de l'Access to Medicine Foundation, les grandes entreprises pharmaceutiques ne comptent plus que 60 projets actifs, contre 92 en 2021. Sans nouveaux médicaments efficaces, les résistances acquises pourraient rendre inutilisables même les molécules existantes.

Que pouvons-nous faire ?

La bonne nouvelle est qu'il existe des outils concrets pour inverser la tendance. L'OMS a lancé un plan d'action mondial mis à jour pour la période 2026–2036, et les gouvernements du G7 et du G20 ont inscrit la RAM parmi leurs priorités de santé publique internationale. L'OCDE calcule qu'investir seulement 1,50 € par habitant et par an dans des mesures de prévention et de surveillance permettrait d'éviter 27 000 décès et d'économiser 1,4 milliard d'euros chaque année dans les seuls pays de l'UE/EEE.

Les comportements individuels comptent également : utiliser les antibiotiques uniquement sur prescription, toujours terminer un traitement, ne pas les acheter sans ordonnance, et réduire la consommation de produits d'origine animale issus d'élevages qui font un usage massif d'antimicrobiens. La RAM est une menace collective qui appelle une réponse collective — et chaque choix, même le plus quotidien, peut faire la différence.

Sources principales : GRAM Project / The Lancet (2024); WHO Global AMR Action Plan 2026–2036; ECDC; World Bank; OCSE; Access to Medicine Foundation (2026); Commissione europea — DG Salute. 

Imaginez une infection bactérienne qui persiste malgré un traitement antibiotique. Ou encore un dispositif médical sur lequel les bactéries parviennent à adhérer, à se multiplier et à s'organiser en une communauté difficile à éliminer. Dans de nombreux cas, les biofilms peuvent jouer un rôle important. Ces structures permettent aux microorganismes de vivre en communauté et de faire face à des conditions environnementales défavorables.

Les biofilms sont largement répandus dans la nature et peuvent se former sur des surfaces très diverses, des rochers dans les cours d'eau aux canalisations industrielles, en passant par les cathéters, les implants médicaux et les tissus de l'organisme. Il ne s'agit pas de simples agrégats de cellules : ce sont des communautés organisées, intégrées dans une matrice extracellulaire qui contribue à leur stabilité et influence le comportement des bactéries.

Comprendre comment les biofilms se forment, comment ils fonctionnent et pourquoi ils sont si difficiles à éliminer est essentiel pour développer de nouvelles stratégies de lutte contre les infections.

Qu'est-ce qu'un biofilm ?

Un biofilm est une communauté de microorganismes qui adhèrent à une surface ou les uns aux autres et sont intégrés dans une matrice extracellulaire produite, en partie, par les microorganismes eux-mêmes. Cette matrice est composée, dans des proportions variables, de polysaccharides, de protéines, de lipides et d'acides nucléiques extracellulaires.

Son rôle va bien au-delà de celui d'un simple revêtement. La matrice maintient les cellules ensemble, favorise leur adhésion aux surfaces et contribue à créer un microenvironnement dans lequel les bactéries peuvent survivre et interagir. Elle peut également influencer la diffusion des substances et la disponibilité des nutriments.

Un biofilm peut être constitué d'une seule espèce bactérienne ou d'une communauté de différents microorganismes. Sa composition et son organisation dépendent du type de microorganisme, de la surface colonisée et des conditions environnementales.

Comment se forme un biofilm ?

La formation d'un biofilm est un processus dynamique qui se déroule en plusieurs étapes. Tout commence lorsque les bactéries entrent en contact avec une surface et y adhèrent. À ce stade, les propriétés physiques de la surface et certaines molécules bactériennes impliquées dans la reconnaissance et l'adhésion peuvent jouer un rôle.

Les cellules commencent ensuite à produire et à accumuler les composants de la matrice extracellulaire. La communauté se stabilise et se développe, formant progressivement une structure plus complexe. À l'intérieur du biofilm, des zones présentant différentes concentrations d'oxygène et de nutriments peuvent apparaître, influençant le métabolisme et l'activité des cellules.

Le processus ne s'arrête pas nécessairement à la maturation de la structure. Dans certaines conditions, des cellules peuvent se détacher et atteindre de nouvelles surfaces, donnant naissance à d'autres biofilms.

Cette capacité à se développer, à se réorganiser et à se disperser fait des biofilms des systèmes biologiques dynamiques, dont la formation dépend de l'interaction continue entre les microorganismes et leur environnement.

Une communauté, des comportements différents

L'un des aspects les plus intéressants des biofilms est que les bactéries qui les composent ne se comportent pas toutes de la même manière. Les cellules les plus exposées à l'environnement peuvent avoir accès à davantage d'oxygène et de nutriments, tandis que celles situées dans les couches internes peuvent se développer plus lentement et présenter une activité métabolique réduite.

Ces différences contribuent à l'hétérogénéité de la communauté et influencent sa réponse aux agents extérieurs. La communication entre les bactéries peut également jouer un rôle important. Chez certaines espèces, des systèmes tels que le quorum sensing permettent aux cellules de détecter des molécules de signalisation et de réguler l'expression de certains gènes en fonction des conditions au sein de la communauté.

Le biofilm n'est donc pas une structure inerte. C'est un environnement dans lequel les cellules interagissent entre elles et avec la matrice, en adaptant leur comportement aux conditions dans lesquelles elles se trouvent.

Pourquoi les biofilms sont-ils si difficiles à éliminer ?

La capacité des biofilms à persister constitue l'une des principales difficultés lorsque des bactéries pathogènes sont impliquées. La matrice extracellulaire peut entraver ou ralentir la diffusion de certaines substances, même si cet effet varie selon la composition du biofilm et les caractéristiques de la molécule concernée.

Les différences d'activité métabolique jouent également un rôle. Certains antibiotiques sont plus efficaces contre les bactéries en pleine croissance, tandis que les cellules à croissance lente peuvent être moins sensibles. Les biofilms peuvent aussi contenir des sous-populations persistantes, capables de survivre temporairement à l'exposition aux antibiotiques sans être nécessairement résistantes sur le plan génétique.

Il est donc important de distinguer la résistance aux antibiotiques de la tolérance. La résistance permet aux bactéries de se développer en présence de concentrations d'un médicament qui devraient normalement empêcher leur croissance. La tolérance leur permet, quant à elle, de survivre plus longtemps à l'exposition.

Ces mécanismes peuvent contribuer à la persistance des infections associées aux biofilms et rendre leur éradication plus complexe. Dans certains cas, le traitement doit être accompagné d'interventions ciblant la surface colonisée ou le dispositif médical concerné.

Un problème également lié à la résistance aux antimicrobiens

Les biofilms et la résistance aux antimicrobiens sont deux phénomènes distincts, mais ils peuvent être étroitement liés. Les conditions présentes à l'intérieur d'un biofilm peuvent favoriser la survie des bactéries pendant le traitement et, dans certaines circonstances, faciliter les échanges de matériel génétique entre microorganismes.

L'ampleur de la résistance aux antimicrobiens rend l'étude de ces mécanismes d'autant plus importante. Selon l'Organisation mondiale de la santé (OMS), en 2023, environ une infection bactérienne confirmée en laboratoire sur six, parmi celles couvertes par la surveillance mondiale, était résistante aux antibiotiques. Entre 2018 et 2023, la résistance a augmenté dans plus de 40 % des combinaisons entre agents pathogènes et antibiotiques surveillées. Ces données concernent la résistance bactérienne dans son ensemble, et non la prévalence des biofilms, mais elles soulignent la nécessité d'élargir les stratégies disponibles pour lutter contre les infections.

C'est pourquoi la recherche sur les biofilms ne se limite pas à l'étude des antibiotiques. Elle vise également à comprendre comment empêcher l'adhésion, fragiliser la matrice extracellulaire et perturber les mécanismes qui permettent aux bactéries de s'organiser en communautés persistantes.

De nouvelles pistes contre les biofilms inspirées des bactériophages

Parmi les approches étudiées pour lutter contre les biofilms figurent celles qui s'inspirent des bactériophages, des virus capables d'infecter les bactéries. Au cours de leur évolution, certains bactériophages ont développé des protéines et des enzymes capables de reconnaître des structures bactériennes spécifiques ou de dégrader des composants de la matrice extracellulaire.

Ces molécules sont particulièrement intéressantes, car elles pourraient permettre de cibler certains éléments du biofilm plutôt que d'agir exclusivement sur les cellules bactériennes. Fragiliser la matrice ou perturber les mécanismes d'adhésion pourrait, dans certaines conditions, rendre la communauté plus vulnérable à d'autres traitements.

Il s'agit toutefois d'un domaine de recherche en évolution. L'efficacité de ces stratégies doit être vérifiée expérimentalement et dépend de plusieurs facteurs, notamment de l'espèce bactérienne, de la composition du biofilm et des caractéristiques de la molécule utilisée.

L'objectif est d'identifier des approches ciblées susceptibles de compléter les stratégies existantes et d'élargir les possibilités d'intervention contre les communautés microbiennes persistantes.

Sources principales : Organisation mondiale de la santé (OMS) – Global antibiotic resistance surveillance report 2025 ; Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) – Antimicrobial resistance: surveillance and disease data ; Agence européenne des médicaments (EMA) – Antimicrobial resistance in veterinary medicine.